黑龙江省中医药科学院的前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所(俗称" 祖研" )，现已发展成为黑龙江省规模最大的集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药机构，先后荣获" 全省小康建设先进集体" 和" 全国卫生系统先进集体" 的荣誉称号。随着规模的发展和功能的不断健全，2013年正式更名为黑龙江省中医药科学院。
黑龙江省中医药科学院占地面积5万平方米，建筑面积9万平方米，分三个院区，现有人员1600多人，具有正、副高级职称专家255人，其中享受省政府和***专家34人，国家级名中医和省级名中医26人，并拥有国医大师张琪教授，世界针灸非物质文化遗产传承人张缙教授，全国著名中医药专家郭文勤教授、王铁良教授、吴秉纯教授、张佩青教授等著名专家和一大批优秀的中医药人才。
黑龙江省中医药科学院现有国家临床重点专科4个，国家中医药重点学科和重点专科16个，国家中医重点研究室1个，国家中医药科研三级实验室5个，省政府重点学科领军人才梯队8个，省重点实验室1个。同时黑龙江省中医药科学院下设中医临床、针灸、中药、中西医结合、中医基础理论5个研究所，国家中药剂型改革基地和《中国中医药科技》杂志社设在黑龙江省中医药科学院。
黑龙江省中医药科学院现有医疗床位1658张,设内、外、妇、儿、骨伤、针灸、推拿、口腔、眼科等一级临床科室19个，肾病科、心血管科、脾胃病科、肺病科、内分泌科等二级临床科室 16个，全院科室总数49个，设药剂、医学检验科、医学影像科(CT、核磁、DR、彩超、钼靶)、病理科、手术室等医技科室共计23个。
在研究生教育方面，黑龙江省中医药科学院拥有中医学、中西医结合、中药学3个硕士一级学科学位授予权，拥有硕士研究生导师55名，博士研究生导师6名，已毕业人员455人，现在院研究生205名。1999年黑龙江省中医药科学院被人事部批准为博士后科研工作站，现已有9名博士后出站，有7名博士后在站工作。
建院以来，黑龙江省中医药科学院共取得科研成果289项，获得部省级以上科技奖励100项，共研制出中药新产品43个投放市场，其中包括" 刺五加" 、" 满山红" 、" 双黄连粉针剂" 等具有里程碑意义的名牌产品和" 宁神灵" 、" 骨筋丹" 、" 丹王颗粒" 、" 葛根芩连微丸" 、" 芩百清肺浓缩丸" 等具有自主知识产权的中药新产品。据不完全统计，黑龙江省中医药科学院转让黑龙江省企业的中药产品年创产值近10亿元，其中" 双黄连粉针剂" 自投产以来已创产值达40亿元以上， 并被省委、省政府评为推进" 八大经济区" 和" 十大工程" 建设先进单位，为黑龙江省医药工业和中药产业化发展提供了强有力的科技支撑。
