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上海中医药大学中医学院(中医基础理论研究所)是院所合一的二级单位。其前身为上海中医学院基础部，于1996年10月改称为基础医学院，2023年5月更名为中医学院。学院的院训为：“勤求古训、博采众方、夯实基础、甘为人梯”。学院名师辈出，名医荟萃，金寿山、刘树农、张伯讷、殷品之、裘沛然、凌耀星、傅维康、段逸山、柯雪帆、严世芸、费兆馥、王庆其等著名中医学家先后在学院任教任职。
学院承担全校各专业本科生、研究生的中医基础类课程的教学任务。下设9个教研室、3个研究室、1个教学科研公共平台，辖属5个二级学科。学院目前在编教职员工108人，具有博士学位者79名(占73.15%);高级职称61人，其中正高23人、副高38人。
学院有中医学(屠呦呦班)、中医学(5+3一体化)、中医学(五年制)、少数民族预科班4个专业全日制本科生近600人，研究生120余人。学院设有2个博士后流动站，5个博士点，5个硕士点。学院是国家一流学科——中医学的重要建设单位，有国家中医药管理局重点学科1个。
学院目前承担本科生、研究生和国际留学生课程100余门。拥有国家级教学团队1个、国家级一流本科课程2项、国家级实验教学示范中心1个、国家级精品课程、资源共享课程3门。3门课程认定为上海高校一流本科课程，3门课程获上海市课程思政示范课程，3个课程团队同时获市课程思政示范团队。主编、副主编行业规划教材9本。
“十四五”以来学院共承担各级别课题136项，在研科研经费6000余万元。其中科技部国家重点研发计划1项，国家自然科学基金重大仪器研制项目子课题1项，国家自然科学基金项目51项，国家社会科学基金青年项目1项，教育部人文社会科学研究项目2项，国家中管局古籍挖掘和保护项目1 项，上海市科技重大专项“重大突发传染病防控关键核心技术研究”子任务2项。上海市哲学社会科学规划项目4项，上海市启明星人才项目1项，上海市浦江人才项目1项，上海市晨光计划1项，上海市青年科技英才扬帆计划6项。转化科研成果“TFDA-1”舌诊仪获批医疗器械注册证;共获授权专利16项，专利转化金额共计2180万元。出版《黄帝内经学术发展史略》、《黄帝内经肾藏象理论与临床实践》、《海派大师讲中医实录》等多部学术专著。科技成果先后获得上海市科学技术进步奖“三等奖”1项，中华中医药学会学术著作三等奖2项，上海中医药科技成果三等奖1项，科技著作一等奖1项。
学院中医四诊信息化实验室是上海市健康辨识与评估重点实验室、国家中医药管理局三级实验室，是目前国内唯一进行中医四诊合参客观化研究的实验室。实验室吸取和借鉴现代多学科理论、新技术及方法，基于中医诊断信息客观化采集与分析技术、中医证候建模方法，研究健康、亚健康及疾病状态下的四诊信息及证候特征，并进行中医诊疗设备研发与临床验证，旨在为中医临床规范化诊疗、临床疗效评价以及中医诊断相关标准制定奠定基础。近年来致力于中医诊断相关国际标准研究工作，共发表中医诊断名词术语国际标准3项。
学院重视学术传承。在裘沛然名师工作室、凌耀星名师工作室、柯雪帆名师工作室、严振国名师工作室、赵伟康名师工作室、王庆其名师工作室的基础上，成立“国医大师工作室”“全国名中医工作室”，聘请国医大师熊继柏为我校名誉教授，聘请国医大师王庆国、翁维良等为我校客座教授。
